Nos anos 1970, três times de futebol amador chamavam atenção na região da Grande Dourados (MS): Ubiratan, Operário e Águia Negra. O último foi fundado em 31 de maio de 1972 por Iliê Vidal, aficionado por futebol e figura bastante conhecida na região. Era o mais novo dos três times e sempre aprontava para cima dos outros.

Foi campeão regional e estadual algumas vezes, venceu também algumas taças, como a Taça de Rio Brilhante, e conseguiu se profissionalizar em 1987. Dois anos depois, contratou para vestir sua camisa um dos ídolos do clube em todos os tempos, o atacante Alex Dias, campeoníssimo pelo São Paulo e pelo Vasco. Natural de Rio Brilhante, o ex-atacante se aposentou em 2012, mas continuou muito festejado no clube.  

Durante anos, o Águia disputou o Estadual da série B, até vencê-lo em 2001. Foi o primeiro grande título da história do clube, que conseguiu acesso à primeira divisão. Em 2003, o time quase ficou de fora do Campeonato Sul Matogrossense. Segundo justificativa da federação, o clube não teria enviado toda a documentação necessária. Mas acabou participando do torneio, graças a uma determinação do Tribunal de Justiça Desportiva.

O primeiro título na série A seria conquistado em 2007, quando o clube faturou o Estadual e passou a figurar entre os grandes do Mato Grosso do Sul. Em 2012, venceu novamente o campeonato.

O Águia Negra se fortaleceu muito com a chegada de usinas sucroalcooleiras à região de Rio Brilhante, onde está instalada a sede do clube, conseguindo apoio e patrocínios pesados. Com as boas campanhas nos campeonatos caseiros, passou a aparecer em competições nacionais, onde espera, em breve, fazer voos mais altos.

O Estádio Illiê Vidal, também conhecido como Ninho da Águia, é onde o Águia Negra manda seus jogos. De propriedade do próprio clube, possui capacidade para cinco mil espectadores e, apesar de pequeno, possibilita ao público presente boa visão de jogo, onde quer que o torcedor esteja.

Normalmente tem lotação máxima nos jogos do Águia. Famílias inteiras costumam acompanhar a equipe. Tem como diferencial uma grande águia logo na entrada do estádio, bem acima do portão principal. Sem dúvida é uma patrimônio não apenas do clube, mas da cidade de Rio Brilhante.