“Melgar es Arequipa, Arequipa es Melgar”, diz um dos lemas deste time peruano. O clube surgiu em 25 de março de 1915, quando um grupo de jovens amigos se reuniu em um parque de Arequipa para fundar um time de futebol que representasse a cidade. Localizada no sul do Peru, em uma grande área de oásis, Arequipa fica em um vale da cordilheira dos Andes. O nome escolhido para o novo clube homenagearia um dos mais ilustres filhos da cidade: Mariano Melgar (1790-1815), poeta e revolucionário, que lutou pela Independência do Peru.

Na reunião, o nome consentido para o novo clube foi Juventud Melgar, que mudaria poucos meses depois para Foot Ball Club Melgar. Em pouco tempo, o time ganhou uma torcida fiel e apaixonada em sua cidade natal. Seus sócios e torcedores salvaram o clube de diversas crises econômicas, que ameaçaram acabar com o time.

Em 1971, o Melgar ganhou a Copa Peru e subiu para a primeira divisão do futebol do país, tornando-se o único time do interior a se manter na elite do futebol peruano desde então. Em 1981, o clube seria campeão da primeira divisão, em uma conquista histórica: pela primeira vez, um time de fora de Lima ganhava um título nacional. A partida final foi contra o Sporting Cristal, no Estádio Nacional de Lima, diante de quase 34 mil espectadores. O empate de 1 a 1 deu o título ao time de Arequipa, que se classificou pela primeira vez para a Copa Libertadores da América.

No ano do centenário do clube, em 2015, viria o segundo título nacional. Novamente, a vitória foi em cima do Sporting Cristal. Desta vez, no entanto, a última partida foi em Arequipa, que parou para celebrar o Melgar. Mais de 30 mil torcedores lotaram o Estádio Monumental de la UNSA, para ver seu time ganhar por 3 a 2.

A primeira casa do clube foi o estádio Mariano Melgar, com capacidade para 15 mil pessoas. Durante décadas, os torcedores acompanharam seu time naquele palco, que recebeu o Santos de Pelé, no dia 6 de fevereiro de 1966. A partida, que lotou a casa do time de Arequipa, terminou empatada em 1 a 1.

Na década de 1990, o crescimento do clube e de sua torcida levou o Melgar a mudar de casa. Em 1995, quando o Estádio Monumental de la UNSA abriu suas portas, a equipe passou a mandar seus jogos no novo palco. O estádio pertence à Universidade Nacional de San Agustín (UNSA) ― instituição pública de ensino superior localizada em Arequipa desde 1828.

A partida de inauguração do maior e mais moderno estádio de Arequipa foi entre o Melgar e o Alianza Lima, que terminou em 1 a 1.  Com capacidade para 60 mil pessoas, o estádio atende aos rigorosos padrões do futebol internacional. Dos assentos mais altos, os torcedores podem avistar, além de seu time em campo, o vulcão Misti, que fica próximo à cidade de Arequipa, aos pés do Vale del Chili.